Het bestuur van een Brabants gilde bestaat in het algemeen uit de Hoofdman (voorzitter), twee Dekens en enige Oudraden. Het bestuur van het Sint-Sebastiaansgilde heet ‘de Hoogheid’, andere gilden noemen het bestuur vaak ‘de Overheid’.
De hoofdman was oorspronkelijk de vertegenwoordiger van de Heer van Tilburg en werd ook door deze benoemd. Vroeger gold deze benoeming voor het leven, tegenwoordig wordt de hoofdman voor zes jaar gekozen door de gildebroeders, maar zijn vergaande beslissingsmacht gaat nog op de oude situatie terug. De hoofdman draagt als teken van zijn waardigheid een modern gestileerde staf met zilveren bekroning en een oud zilveren, deels verguld, medaillon. Beide tonen Sint Sebastiaan, de patroon van het gilde. In andere gilden ziet men wel een hellebaard of piek. In het algemeen geldt dat de onderscheidingstekenen van de hoofdman vaak zeer oud zijn en een goed beeld geven van kunst en stijlopvattingen uit vroeger eeuwen. Daarnaast kunnen de inscripties en afbeeldingen veel interessants vertellen over de plaatselijke geschiedenis. De huidige hoofdman van het gilde is Ludo Doomernik, die in de gildevergadering van 8 maart 2022 als zodanig werd gekozen en geïnstalleerd.
De Dekens waren oorspronkelijk de beheerders van de bezittingen en de beslechters van geschillen. Nu hebben ze meestal de functie van schrijver (secretaris) en penningmeester. Oudraden waren vroeger de afgetreden Dekens, nu zijn ze gewoon gekozen leden van het bestuur. De twee dekens die de hoofdman assisteren dragen tekenen in de vorm van zilveren sikkels. Er loopt een geknoopte ketting omheen als teken van hun ‘verbindende’ functie. Deze waardigheidstekenen dateren van een nog betrekkelijk recente datum.
In het nabije verleden rekende men ook de ‘Alferez’ en de ‘Cornet‘ tot de Hoogheid. Deze functionarissen zijn thans geen lid van de Hoogheid.
De Hoogheid vergadert meestal viermaal per jaar en doet voorstellen aan de jaarlijkse algemene vergadering van gildebroeders. De verplichtingen en bevoegdheden van de Hoogheid en de leden van het gilde liggen vast in een reglement, de zogenoemde caert. Daarnaast heeft het Sint-Sebastiaansgilde voor interne afspraken een soort huishoudelijk reglement, het ‘gildeboek’.